Institutul STAR-UBB este condus de un Consiliu (Board), format din rectorul și prorectorii UBB.
Rectorul UBB (prof. univ. dr. Daniel David) conduce Consiliul Institutului STAR-UBB, iar prorectorul responsabil cu competitivitate (prof. univ. dr. Bálint Markó) are rolul de coordonator al Institutului. Din Consiliul Institutului STAR-UBB face parte și președintele Senatului UBB (prof. univ. dr. Florin Streteanu), ca observator.
Conducerea executivă a Institutului STAR-UBB este formată din directorul științific, prof. dr. Alexander Baumgarten (Facultatea de Istorie și Filosofie), director executiv adjunct, conf. dr. Gabriela Brendea (Facultatea de Științe Economice și Gestiunea Afacerilor), și secretar științific, conf. dr. Járai-Szabó Ferenc (Facultatea de Fizică).
Consiliul Științific al UBB servește ca for de consultantă academică pentru Consiliul Institutului STAR-UBB. Activitățile Institutului STAR-UBB se supun procedurilor Consiliului de Administrație al UBB și Senatului UBB.
Personalități academice internaționale, cu accent pe cele care au primit titlul de Doctor Honoris Causa al UBB, fac parte dintr-un Consiliu Consultativ Internațional, cu rolul de a furniza sugestii pentru funcționarea și dezvoltarea Institutului STAR-UBB și evaluare internațională la fiecare 4 ani, pe baza unui Raport al Consiliului Institutului STAR-UBB.
- Profesor univ. dr., Jurgen Heinze, Universitatea din Regensburg, Germania
- Profesor univ. dr., Harald Heppner, Universitatea din Graz, Austria
- Profesor univ. dr., Zoltán Horváth, Universitatea Eotvos Lorand, Ungaria
- Profesor univ. dr., Irving Kirsch, Universitatea Harvard, SUA
- Profesor univ. dr., Jean-Marie Lehn, Universitatea din Strasbourg, Franţa
- Profesor univ. dr., Eric Maskin, Universitatea Harvard, SUA
- Dr. Carole Neves, Smithsonian Institution, SUA
- Profesor univ. dr., Ariel Pakes, Universitatea Harvard, SUA